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Das Dekret bemächtigt Soldaten unter anderem zur Durchführung von Verhaftungen, Hausdurchsuchungen, Patrouillen in den Straßen und bewaffneten Aktionen gegen Bürger, die gegen die Gesetze verstoßen. Seit der Ausrufung des "Notstands der öffentlichen Sicherheit" ist die Präsenz des honduranischen Militärs in den Straßen von Honduras zunehmend gewachsen, der Anstieg der Kriminalität konnte dadurch jedoch nicht gebremst werden. Laut den Vereinten Nationen ist Honduras aktuell das Land mit der höchsten Mordrate weltweit.
Bereits im Dezember 2011 äußerten soziale Organisationen und Menschenrechtsgruppen starke Kritik und warnten vor der zunehmenden Militarisierung in Honduras. Schon damals befürchteten Beobachter, dass der vorerst nur für einen Zeitraum von 90 Tagen erklärte Notstand ständig verlängert wird. In dem Dekret sehen Kritiker eine falsche Lösung und verweisen auf die vorherrschende Straflosigkeit als Ursache für die Kriminalität. Die Menschenrechtsorganisation COFADEH stuft das Dekret als verfassungswidrig ein und reichte im Juni 2012 Verfassungsklagen dagegen ein.
Im Februar verstärkte die honduranische Regierung mit der Operation Libertad abermals den Einsatz von Militäreinheiten in den Städten Tegucigalpa und San Pedro Sula. Seitdem häufen sich die Meldungen aus diesen Städten über Autoritätsmissbrauch und Aggressionen von Soldaten gegenüber Unbeteiligten. So betraten im Februar mehrere Soldaten eine öffentliche Schule in Tegucigalpa und schnitten den Anwesenden Schülern gegen deren Willen die Haare.
Im Zuge der Operation Xatruch befinden sich mehrere Tausend Soldaten in der nordhonduranische Krisenregion Bajo Aguán. Dies führte zu einer weiteren Eskalation des Landkonfliktes und die Militäreinheiten werden für eine Vielzahl der begangenen Menschenrechtsverletzungen in der Region verantwortlich gemacht.
Seit dem zivil-militärischen Putsch wird das Militär in Honduras wieder verstärkt zur Unterdrückung sozialer Proteste und Demonstrationen eingesetzt. Mit der Verabschiedung des neuen Bergbaugesetzes und des Gesetzes der Sonderentwicklungszonen, welche eine Vielzahl von neuen Landkonflikten hervorrufen werden, befürchten soziale Organisationen den weiteren Anstieg von Aktionen des Militärs gegen Proteste aus der Zivilbevölkerung.