Im Zentrum des Widerstandes steht die nach dem Putsch gegründete Widerstandsbewegung (FNRP), die Dachorganisation von über 60 Organisationen und Initiativen. Sie vertritt auch nach dem Sturz von Manuel Zelaya dessen Idee einer verfassungsgebenden Versammlung, über deren Einberufung die Bevölkerung von Honduras abstimmen soll. Dafür hat sie in einer landesweiten Kampagne über 1,3 Millionen Unterschriften gesammelt. Die Versammlung soll sich dem Ziel widmen, eine Verfassung zu erarbeiten, die „ein neues und alternatives Lebensmodell“ entwirft, meint Jesus Antonio Chavez von der FNRP.
Wie nötig das ist, zeigt der seit jeher ungelöste Agrarkonflikt, der sich momentan im Tal von Bajo Aguán im Nordosten des Landes gefährlich zuspitzt. Die FNRP sieht darin derzeit eines ihrer wichtigsten Betätigungsfelder, da die Landfrage die strukturellen Probleme Honduras auf den Punkt bringt. In Bajo Aguán verfügt ein Großgrundbesitzer namens Miguel Facussé über 16.000 Hektar des fruchtbarsten Landes von Honduras, erworben unter zweifelhaften Umständen und mittels der Vertreibung der dort lebenden Bauern durch seine Privatarmee unter Rückendeckung des honduranischen Militärs. Die unter ärmlichsten Bedingungen lebenden Bauern fordern das Land, auf dem sie seit Generationen leben, zurück. Sie haben die Fincas, auf denen Facussé Ölpalmen anbauen lässt, teilweise besetzt.
Im Zusammenhang mit diesem Konflikt steht auch die Kampagne der FNRP gegen Straflosigkeit und Willkür. Seit dem Putsch sind fast 200 von der Menschenrechtsorganisation COFADEH registrierte Morde an den gewaltlosen AktivistInnen der Resistencia bekannt. Am 15.11.2010 starben beispielsweise fünf Mitglieder der Bauernorganisation MCA in Bajo Aguán im Kugelhagel der Paramilitärs, die auf Anordnung Facussés eine besetzte Finca räumten. Aufgeklärt wurde bisher aber noch keiner der Morde. Angesichts dieser Straflosigkeit bemüht sich die FNRP den Fall Honduras vor den Internationalen Strafgerichtshof (IStGH) zu bringen, der im November 2010 Interesse anmeldete.
Um dieser Gefahr zu entgehen, setzte die Regierung Lobo eine „Comisión de la Verdad“ (Wahrheitskommission) ein, die die einzelnen Fälle untersuchen soll. Da diese aber bisher kaum Ergebnisse produzierte, installierte die Widerstandsbewegung ihre eigene „Comisión De Verdad“ (echte Kommission), der unter anderen bekannte Persönlichkeiten wie Luis Carlos Niete vom Obersten Gerichtshof Spaniens vorstehen. Ihre Arbeit soll die Grundlage für ein mögliches Verfahren beim IStGH sein, ein erster Bericht wird Ende Juni 2011 erwartet.